How to create genetic assignment barplot with Structure data and R

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### Créer des BarPlots Type Structure ###

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## Original script by Benoit-Simon Bouhet (see http://sciences.univ-larochelle.fr/benoit-simon-bouhet ; contact: bsimonbo@univ-lr.fr)

# Créer des BarPlots Type Structure avec les fichiers .txt de Tess commençant par "Estimated Clustering"

dat <- read.table("Parsed_admixture_run_2_f", header=T, row.names=1)

head(dat)

# Récupérer uniquement les informations sur les clusters

dat2 <- data.frame(dat$C1,dat$C2)

dat2

# data.frame transposé

dat3 <- as.data.frame(t(dat2))

# Création de la matrice pour le barplot

barplot(as.matrix(dat3),

border=NA,

col=c("blue","lightblue","aliceblue","cadetblue2", "dodgerblue1", "deepskyblue4", "dimgray"),

ylim=c(0,1),

names.arg=c(1:40),

ylab="Clusters",

xlab="Individus",

main="K=2")